Υπάρχουν πολλά δρομολόγια για την Νάξο από το λιμάνι του Πειραιά και τα γειτονικά νησιά. Κατά την υψηλή περίοδο υπάρχουν αναχωρήσεις και από το λιμάνι της Ραφήνας. Το ταξίδι με ταχύπλοο από τον Πειραιά διαρκεί 3.5 ώρες και με συμβατικό καράβι 5.5 ώρες.
Η Νάξος συνδέεται αεροπορικώς με την Αθήνα με 1-2 δρομολόγια την ημέρα. Η διάρκεια ταξιδιού είναι μόλις 30 λεπτά.